Основой формирование японского сада стала часть существующего географического отдела «Япония. Китай», который появился в дендрологическом саду достаточно давно.
К началу создания экспозиции, на выбранном участке уже произрастало 32 таксона деревьев и кустарников: ель обыкновенная, сосна кедровая корейская, лиственница японская, липа, сливы, яблони, абрикос маньчжурский и другие. В соответствии с проектом, к ним были добавлены еще 20 видов: различные сакуры, клен вееровидный, ирис сибирский, сосна горная, туя; кустарники: бересклет, лапчатка даурская, рододендрон, пионы древовидные и другие.
Посещение с животными запрещено