Еврейская автономная область граничит на юге с Китаем (по реке Амур), на западе — с Амурской областью, на востоке — с Хабаровским краем.
Еврейская автономная область — единственный субъект Российской Федерации, имеющий статус автономной области, а также единственное в мире, помимо Израиля, еврейское административно-территориальное образование с официальным юридическим статусом.
По своим природным и климатическим условиям автономная область принадлежит к одному из благоприятных уголков Дальнего Востока России. Её территория представлена двумя типами рельефа — горным и равнинным. Горные области — южная часть обширной Хингано-Буреинской горной системы, занимающая примерно половину всей площади области на севере и западе. Высшая точка — гора Студенческая (1421 м). Равнинная часть, простирающаяся на юге и востоке, представляет западную окраину Средне-Амурской низменности, над поверхностью которой возвышаются три хребта останцевого типа: хребет Даур (674), хребет Большие Чурки (831) и хребет Ульдура (630).
С юго-запада, юга и юго-востока на протяжении 584 км территория области омывается водами одной из величайших рек Евразии — Амура. Ширина русла у западных границ области (близ села Пашково) — 1,5 км, у восточных — 2,5 км. Амур покрыт льдом 5 месяцев — с конца ноября до двадцатых чисел апреля. Зимой толщина льда достигает 2 м, что позволяет осуществлять по реке грузовые и пассажирские перевозки. Навигация продолжается в среднем 180 дней. К бассейну Амура принадлежит ряд крупных (длиной более 10 км) и 1146 малых (длиной менее 10 км) рек — это Бира, Биджан, Биракан, Ин, Урми, Икура и другие. Общая протяжённость речной сети составляет 8231 км. Верховья рек Бира и Биджан служат нерестилищем для дальневосточной кеты.
Территорию области покрывают густые леса. Флора области включает в себя 1392 вида растений, в том числе более 200 медоносных, около 300 видов лекарственных, леса богаты ягодами, грибами и орехами. Из 1,7 млн га лесных угодий 165 тыс. га занято кедрово-широколиственными лесами, 250 тыс. га — елово-пихтовыми, 165 тыс. га — лиственничными, 347 тыс. га дубовыми. Запас древесины составляет 202 млн м³ (Государственный лесной реестр, 2009).
Разнообразен животный мир: здесь водятся бурый и гималайский медведи, амурский тигр, непальская куница, лисица, колонок, соболь, кабан, лось, изюбр, фазан, различные породы уток. Фауна млекопитающих насчитывает 59 видов.
В водоёмах области обитает 73 вида рыб, в том числе белый и чёрный амур, верхогляд, желтощёк, калуга, кета, ленок, амурский лещ, осётр, сазан, налим, таймень, толстолоб, хариус, щука и другие. Семь видов, нуждающихся в особой охране, занесены в Красную книгу России. Для воспроизводства дальневосточного стада лососёвых рыб в области действует два рыборазводных завода мощностью закладки 64,5 млн икринок в год.
Государственный природный заповедник «Бастак» учрежден постановлением Правительства Российской Федерации 28 января 1997 г. № 96 (Собрание законодательства Российской Федерации, 1997, № 6, ст. 744). Расположен на территории Облученского, Биробиджанского и Смидовичского районов Еврейской автономной области. Общая площадь заповедника 127 094,5 гектара, в том числе в Облученском районе 72 662 гектара, Смидовичском — 35 323,5 гектара и Биробиджанском — 19 109 гектаров.
Пять государственных природных комплексных заказников занимают 225 тыс. га, что составляет 7 % территории области.
Динамичное развитие торговых отношений с КНР после распада СССР повлекло изменения в экологической обстановке в регионе. На основе десятилетних наблюдений был сделан вывод, что объём вырубок многократно превышает разрешённый и декларируемый. Это вызвало обеспокоенность Всемирного фонда дикой природы. Лесопилки и лесные склады, принадлежащие китайцам, играют ключевую роль в распространении незаконных рубок (стр. 17). Причём в этом бизнесе не последнее место занимают представители ОПГ. Браконьерство вносит вклад в сокращение редких видов животных; а основным направлением контрабанды стал вывоз частей и дериватов.