Лесные земли в заповеднике составляют 64% и полностью представлены насаждениями естественного происхождения. Основные лесообразующие породы: сибирская сосна (кедр), сибирская ель, сибирская пихта, сосна обыкновенная, береза, осина. Лиственница для территории заповедника не характерна, она заходит на его территорию только на юге, там где пойма Большого Югана приближается к территории заповедника.
Нелесные земли составляют 36%, представлены в основном болотами олиготрофного вида, которые обеспечивают сохранение генофонда редких зверей, птиц и растений.
На болотах заповедника произрастает угнетенная форма сосны, кедр и береза, но в целом - это мир сфагноых мхов и болотных кустарничков: багульника, мирта, подбела, клюквы, голубики. На мезо- и эвтрофных болотах растёт много разных цветковых растений, в том числе немало орхидей.
На территории Юганского заповедника произрастает: лишайников - 195 видов; мхов - 114 видов; сосудистых растений - 330; грибов - 460 видов.
Млекопитающих – 40 видов. Многочисленными являются – грызуны и бурозубки. Из семейства куньих встречаются: соболь, колонок, росомаха, барсук, горностай, ласка и околоводные - американская норка и выдра. Численность волка и лисы не высока, зависит от количества жертв.
Редкий зверь в заповеднике – рысь. Численность рыси сильно ограничивает высота снежного покрова и количество зайца-беляка. Обычный обитатель заповедника - бурый медведь. Травоядные парнокопытные представлены лосем и северным оленем лесного подвида. Самые таинственные и малоизученные - рукокрылые или летучие мыши. В заповеднике обнаружено только 2 вида - северный кожанок и двухцветный кожан.
Птиц - 216 видов. Гнездится 134 вида. На весеннем и осеннем пролётных насчитывается 45 вида, 30 вида составляют группу залётных, зимовать остаются около 40 видов. В основном это мелкие воробьиные птицы, куриные (глухарь, рябчик, тетерев и куропатка), некоторые совы и дневные хищники.
В заповеднике обитают 2 вида пресмыкающиеся - гадюка и живородящая ящерица, 4 вида земноводных - углозуб, обыкновенная жаба, остромордая и сибирская лягушки.
В озерах и реках заповедника обитает обычный набор пресноводной сибирской фауны: язь, щука, окунь, плотва, елец, ёрш, пескарь, серебряный и золотой караси.
Беспозвоночных определено более 1000 видов. Более полный список определенных видов можно найти в кадастровых отчётах заповедника, размещённых на его сайте
