Описание биоразнообразия
Первозданная, нетронутая природа заповедника формирует на его территории богатое флористическое и фаунистическое разнообразие.
Разнообразен растительный мир. Лесопокрытая площадь занимает 93 % заповедной территории. Самыми характерными из хвойных древесных пород являются кедр (сосна сибирская), пихта сибирская, лиственница сибирская, ель сибирская и сосна обыкновенная. Наиболее богаты таксонами 11 семейств флоры: хвойные -7 видов, 63 вида-мятликовые, 20 видов-ивовые, 45 видов-осоковые, 18 видов-гвоздичные, 36 видов-астровые, 18 видов-бобовые, 26 видом-лютиковые, 13 видов-зонтичные, 23 вида-розоцветные, 11 видов-гречишные.
В составе флоры заповедника велико число видов, имеющих ценность в пищевом, лекарственном и других отношениях: пион уклоняющийся, или марьин корень; лилия пенсильванская; живокость высокая; солонечник даурский и др. в Красную книгу РФ включены 3 вида растений, произрастающих на территории заповедника: - Башмачок настоящий (желтый); - Башмачок крупноцветковый; - Калипсо луковичная.
По Енисею проходит Енисейская биогеографическая граница-важнейший в Палеарктике меридиональный фаунистический рубеж, область стыка и смешения западных и восточных фаунистических комплексов.
Заповедник является ключевым резерватом для успешного размножения и расселения многих видов животных: соболя, лося, медведя, лесного северного оленя, и ценных видов рыб – таймень, ленок, осетр, стерлядь.
В заповеднике встречается 48 видов млекопитающих. Фауна млекопитающих типично таежная и в основном представлена видами, широко распространенными в Палеарктике (бурый медведь, соболь, колонок и др.). На примере млекопитающих также прослеживается Енисейская зоогеографическая граница, которая в основном ограничивает распространение к западу восточных сибирских палеарктов (кабарга, северная пищуха, восточносибирский подвид лося и др.). Олень северный (лесной подвид) пока еще редок в заповеднике, но его численность постепенно восстанавливается.
Фауна птиц. В сплошной тайге птиц не много. Значительно больше их там, где хвойные леса осветляются полянами и рединами, по опушкам, берегам рек и ручьев и в обширной пойме Енисея. В тайге основу птичьего населения составляют пятнистый конек, пухляк, корольковая пеночка, вьюрок. Постоянно встречаются кедровка, местами обычен рябчик. Характерен для тайги обыкновенный глухарь. В водах заповедника живут постоянно либо заходят на нерест 1 вид миног (класс круглоротые) и 34 вида рыб, относящихся к 11 семействам