В апреле 1994 года правительство России утвердило разработанный Минприроды России совместно с Рослесхозом «Перечень государственных природных заповедников и национальных природных парков, рекомендуемых для организации на территории Российской Федерации в 1994—2005 годах». В перечень входил и заповедник «Ингерманландский» предлагаемой площадью 17 901 га.
В том же году российско-финляндская рабочая группа утвердила концепцию организации заповедника на пограничном с Финляндией участке северного побережья Финского залива и островах центральной части залива. Концепцию также одобрило правительство Ленинградской области.
Проектированием заповедника в 1995 году занялись специалисты Биологического научно-исследовательского института Санкт-Петербургского государственного университета.
В 1997 году в проект внесла коррективы Ленкомэкология. В 1998 году государственную экологическую экспертизу проекта провела Госкомэкология России.
В апреле 1999 года врио губернатора Ленинградской области Валерий Сердюков утвердил проект организации государственного природного заповедника «Ингерманландский» в восточной части Финского залива. Затем все материалы были направлены в Государственный комитет Российской Федерации по охране окружающей среды. Однако Правительство РФ так и не утвердило проект. В 2007 году было заявлено, что из-за значительных изменений, происшедших с 1999 года на территории региона и связанных с новыми экономическими и политическими условиями на Балтике (активное строительство портов и терминалов, интенсивный морской грузопоток, а также реструктуризация федеральных и региональных органов власти, изменения в федеральном законодательстве), организация заповедника в запланированном виде невозможна. В проект вновь были внесены изменения.
В 2008 году проект стал одним из главных направлений Хельсинкской комиссии по защите морской среды Балтийского моря.
Осенью 2009 года в Выборгском и Кингисеппском районах вновь провели общественные слушания. В марте 2010 года сообщалось, что администрация Ленинградской области вновь утвердила границы Ингерманландского заповедника и он будет создан в течение года. Однако он так и не был создан ни в 2010 году, ни в последующие несколько лет.
В 2012 году проект был согласован со всеми службами и комитетами, кроме Минобороны РФ. Согласование с Минобороны затянулось до 2016 года.
В конце 2016 года сообщалось, что в Минприроды надеются на создание заповедника в 2017 году, который в России был объявлен «годом экологии».