Основными причинами создания Поронайского заповедника стало отсутствие на Сахалине ООПТ высшего ранга, а также высказывания ученых о необходимости создания заповедника на острове в связи с его интенсивным хозяйственным освоением. Заповедник образован с целью сохранения типичных природных комплексов полуострова Терпения и входящей в состав заповедника юго-восточной части Тымь-Поронайской низменности. Для сохранения лесных, водно-болотных и тундровых экосистем Центрального Сахалина, а также сохранение крупного гнездового поселения птиц северного арктического типа (птичий базар) на мысе Терпения.
Вопрос о создании заповедника на Сахалине возник особенно остро и приобрел международное значение после заключения 14 октября 1974 г. межправительственной конвенции между СССР и Японией об охране гнездовий и зимовок морских колониальных и перелетных птиц, а также среды их обитания. По заданию Совета Министров РСФСР от 26 мая 1984 г. № 6609-16 и от 4 октября 1984 г. № 12944-16 и в соответствии с распоряжением Сахалинского облисполкома от 12 марта 1986 г. № 148, а также решением 1-го Межведомственного совещания в Сахалинской облисполкоме от 6 февраля 1986 г. Центрально-изыскательной экспедицией Главохоты РСФСР было проведено обследование в Поронайском районе территории с целью возможности организации на ней заповедника. В 1987г. была передана соответствующая документация на организацию заповедника. Государственный заповедник «Поронайский» образован постановлением Совета Министров РСФСР от 30 марта 1988 г. № 107 по согласованию с Госпланом СССР. Решением Совета Министров РСФСР от 20 декабря 1988 г. № 1351-Р заповедник «Поронайский» переведен из ведения Главохоты РСФСР в непосредственное подчинение Госкомприроды РСФСР. Постановлением Госплана СССР и ГКНТ от 27 апреля 1991 г. № 77/106, а также решением Сахалинского облисполкома от 31 августа 1989 г. № 216 вокруг заповедника установлена охранная зона.
