Флора
Территория заповедника, находящаяся в зоне контакта европейской и сибирской флор, является уникальным природным комплексом, флора которого чрезвычайно богата и своеобразна. К настоящему времени относительно детально изучены сосудистые растения и недостаточно - споровые.
Фауна
Огромные размеры заповедника, высокое ландшафтное разнообразие территории, положение заповедника на стыке Европы и Азии обусловили в нем довольно высокое разнообразие позвоночных животных.
Млекопитающие
Среди 49 видов млекопитающих, зарегистрированных в районе заповедника, наиболее богато представлен отряд грызунов - 16 видов (33 %), относящихся к 6 семействам; затем идут хищные - 16 видов, 4 сем.; насекомоядные - 7 видов (14 %), 2 сем.; копытные - 4 вида, 2 сем.; рукокрылые - 4 вида, 1 сем.; зайцеобразные - 2 вида и 2 семейства.
Довольно значительная часть видов (22 %) не принадлежит к постоянным обитателям охраняемой территории. К ним относятся все виды летучих мышей, появляющиеся здесь лишь весной, в конце лета и осенью. Изредка завозится с грузами в верховья Печоры серая крыса. Единичные заходы отмечены для енотовидной собаки, барсука и косули. Периодически заходят на заповедную территорию песец и колонок. С 1982 г. регулярно регистрируются заходы кабана.
Орнитофауна
Всего к настоящему времени зарегистрировано 262 вида. Среди них 165 гнездящихся видов, 25 пролетных и 72 залетных.
В таксономическом отношении виды птиц, отмеченные в заповеднике, относятся к 14 большим группам (отрядам). Самыми многочисленными являются представители отряда Воробьинообразные (43,2% всех видов). Второе место по числу видов приходится на отряд Ржанкообразные (15,6%). Виды отряда Гусеобразные составляют в фауне заповедника 12%, представители отряда Соколообразные - 7%. Остальные отряды представлены небольшим числом видов.
Амфибии
Видовой состав амфибий заповедника насчитывает всего 4 вида - сибирский углозуб, серая жаба, травяная и остромордая лягушки. Все эти виды обитают вместе только в равнинном районе заповедника, где условия обитания значительно лучше.
Рептилии
На территории заповедника встречается только один вид рептилий - живородящая ящерица. Она населяет все ландшафтные районы. В горах встречается во всех высотных поясах, в том числе и в горных тундрах.
