Тункинский национальный парк образован на базе Тункинского мехлесхоза и ПОХ «Тункинский». Создан Постановлением Совета Министров РСФСР № 282 от 27.05.1991 г. Это одна из крупных в России особо охраняемая природная территория, которая создана в границах Тункинского муниципального района Республики Бурятия. Общая площадь составляет 1 183 662 га.
Первым директором национального парка назначен Владимир Жамсаранович Сыренов
В ноябре 2005 г. директором национального парка назначена Нина Николаевна Крахмаль
В сентябре 2007 года и.о. директора национального парка «Тункинский» назначен – Анатомий Михайлович Лехатинов.
В январе 2008 года директором национального парка «Тункинский» назначен Валерий Енжапович Гулгонов
В 2009 г. разработан и утвержден лесохозяйственный регламент и проект освоения лесов лесничества ФГУ НП «Тункинский»
В 2010 г. подписано соглашение о создании трансграничной территории нацпарка «Тункинский» и нацпарка «Хубсугул» (Монголия).
В 2011 г.
– Участие в реализации ФЦП «Охрана озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории на 2011-2020гг.».
- Строительство кордонов в Кыренском, Аршанском, Зун-Муринском, Туранском инспекторских участках.
- Начало строительства визитного центра в с. Шулуты.
- Реконструкция моста на реке Харагун (Хонгор-Уула), визитцентров «Гузэн», «Жемчужина»
- Посещение нацпарка президентом Монголии Элбэгдоржом (первое посещение главы иностранного государства).
В 2013 году создан лесной питомник на площади 1,5 га для выращивания сеянцев сосны обыкновенной на территории Аршанского инспекторского участка
В 2013 году начато проведение лесоустроительных работ национального парка «Тункинский». Строительство ангара для транспорта
В 2014 году проводились съемки фильма телеканалом «Моя планета и Россия-2». Фильм снят по проекту «Вершины России» о самой высокой точке Восточного Саяна - «Мунку-Сардык».
Проведены съемки фильма об особо охраняемых природных территориях (ООПТ) - «Заповедное ожерелье Байкала».
с 2015 года алтае-саянское отделение WWF России оказывает финансовую поддержку национальному парку Тункинский в изучении и сохранении снежного барса.
В 2015 году на территории национального парка установлены первые фотоловушки, и в начале 2016 года получены первые съемки редких видов горной фауны (снежный барс, сибирский горный козел, алтайский улар).
Создан минипитомник для воспроизводства эндемика Тункинской долины мегадении Бардунова (Тункинской) редкого вида растений
Создаются Визитно-информационный центр в местности Вышка, а также два ангара для транспортных средств и ангар для хранения оргтехники.
В 2016 году проведены лесовосстановительные мероприятия – высадка лесных культур (саженцев сосны обыкновенной) 210 тыс. саженцев.
В 2019 году директором назначен Доржиев Алдар Джангарович.