Территория парка характеризуется самым высоким в Карелии уровнем биоразнообразия и природоохранной значимости. Всего в пределах парка выявлено 19 видов млекопитающих, 23 — птиц, 78 — сосудистых растений, 32 — мхов, 61 — лишайников, внесенных в Красные книги Российской Федерации (2008) и/или Республики Карелия (2007).
Только здесь в Зелёном поясе Фенноскандии и в Карелии в целом найдены такие редчайшие в регионе виды, как сосудистые растения букашник горный (Jasione montana), минуарция весенняя (Minuartia verna), торица Морисона (Spergula morisonii), мох андреэа толстожилковая (Andreaea crassinervia), лишайники аспицилия собачья (Aspicilia canina), кладония скручивающаяся (Cladonia strepsilis) и другие.
Вся шхерная часть является местом размножения и нагула эндемичного ладожского подвида кольчатой нерпы (Pusa hispida ladogensis), внесённого в Красные книги МСОП, Российской Федерации и Республики Карелия. Здесь обитает не менее 20 % репродуктивной части популяции данного вида.