На территориях двух участков Дагестанского заповедника и их охранных зон зарегистрировано более 80% видового состава птиц Дагестана и около 70% авифауны всего Северного Кавказа.
Участок «Кизлярский залив» заповедника «Дагестанский» имеет исключительное значение для остановок на миграциях водно-болотных птиц, в том числе, многих редких и исчезающих видов занесенных в Красные книги России и Дагестана (кудрявый пеликан, малый баклан, колпица, каравайка, орлан-белохвост, пискулька, белоглазый нырок, черноголовый хохотун и др.). На заповедном участке ежегодно останавливается более 100 тысяч мигрирующих лебедей, гусей, уток и лысух.
Участок «Кизлярский залив» – составная часть одноимённой ключевой орнитологической территории (КОТР), которая имеет международное значение для гнездования и миграций кудрявого пеликана, малого баклана, пискульки, белоглазого нырка. Такие редкие виды, как малый баклан, египетская цапля, колпица, каравайка, султанка, мраморный чирок, савка, толстоклювый и каспийский зуйки, белохвостая пигалица, малая крачка среди заповедников и национальных парков Северного Кавказа встречаются только или преимущественно в Дагестанском и подведомственных ему заказниках «Аграханский» и «Самурский».
Следует также отметить, что Сарыкумский участок заповедника и его окрестности имеют большое значение для охраны краеареальных для нашей страны видов птиц: синего каменного дрозда, красноголового сорокопута, розового скворца, испанской каменки, тугайного соловья, короткопалого воробья.
Заповедный участок входит в состав КОТР «Бархан Сарыкум и хребет Нарат-Тюбе», имеющей международное значение для стенотопных видов средиземноморского биома, а также для гнездования и миграций многих дневных хищных птиц – курганника, орла-могильника, степной пустельги и др.
Еще в начале 1920-х годов в научных кругах Дагестана и среди приезжавших сюда исследователей утвердилось мнение о необходимости создания заповедных территорий в низовьях рек Самур, Сулак и Терек, а также на Гунибском плато во внутригорном Дагестане. Тогда в республике были организованы Самурский и Порабочевский заказники. Позже, во второй половине 20 века, в качестве приоритетных для заповедания территорий стали предлагать Аграханский залив, Самурский лес, Сарыкум и высокогорья Главного Кавказского хребта в районе горы «Гутон», на границе с Грузией и Азербайджаном. Гунибское плато было объявлено памятником природы. Гутонский участок планируемый под заповедник стал заказником. Аграханский залив в последующем подвергся сильной антропогенной трансформации, и лишь его северная часть была объявлена в 1983 году заказником федерального значения. Многолетние споры по Самурскому лесу также закончились не в пользу сторонников заповедника. Здесь в 1982 году организовали федеральный заказник. Тогда в качестве альтернативного варианта был предложен Кизлярский залив. В продвижении этой территории большую роль сыграли орнитологи, среди которых необходимо отметить Ю.А. Исакова, А.В. Михеева и Ю.В. Пишванова.
Заповедник «Дагестанский» организован Постановлением Совета Министров РСФСР от 9 января 1987 г. № 6 по решению Совета Министров ДАССР от 23 сентября 1986 г. № 208 на двух участках – «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы». Общая его площадь составляет 19061 га, в том числе, участок «Кизлярский залив» – 18 485 га, и участок «Сарыкумские барханы» – 576 га. На прилегающих к заповедным участкам землях и водном пространстве созданы охранные зоны с ограниченным режимом пользования общей площадью 21065 га, в том числе, в Кизлярском заливе – 19890 га, и на Сарыкуме – 1175 га.
В 2009 году все три федеральных заказника, расположенных на территории Республики Дагестан («Аграханский», площадью 39000 га, «Самурский» – 11200 га и «Тляратинский» – 83 500 га) переданы в ведение заповедника в том же статусе.
В 2019 году, постановлением Правительства Российской Федерации от 25 декабря 2019 г. № 1839 создан национальный парк «Самурский», общей площадью 48 273 га, который состоит из двух кластеров в дельте Самура и высокогорьях Южного Дагестана.