Флора заповедника. Растительность заповедника носит поясный характер. По мере подъема в горы горно-таежный пояс сменяется субальпийским и альпийским. На Кодаре на высотах выше 2700 м выживают лишь накипные лишайники, здесь царят лед, снег и камень. Леса занимают около 12% площади заповедника. Зональным типом лесной растительности являются светлохвойная тайга из лиственницы Гмелина (даурской). Выше всех древесных пород поднимаются в горы береза шерстистая и ель. Граница леса проходит на высоте 800–1200 м. Выше расположен субальпийский пояс – труднопроходимые, почти сплошные заросли из кедрового стланика, березы растопыренной и других кустарников. Кедровостланиковыми зарослями занято 33% территории. С высоты 1500 м н.у.м. простирается пояс горных тундр и альпийских лужаек. Высокогорья отличаются «многоснежьем», сильным промерзанием грунтов, поэтому здесь развиты моховые и кустарниковые тундры, покров которых сложен многочисленными мхами, карликовыми кустарниками и лишайниками. Альпийские лужайки расположены вдоль ручьев.
По состоянию на 1.01.2019 г. флора сосудистых растений насчитывает 716 видов, из них папоротников – 40, голосеменных - 8, покрытосеменных – 669 видов.
В Красную книгу России включены 4 вида сосудистых растений, 1 вид мохообразных – неккера северная; 2 вида грибов – ежовик альпийский и рогатик пестиковый. В Красную книгу Иркутской области включено 27 видов сосудистых растений, 6 видов мохообразных, 17 видов лишайников и 7 видов грибов, произрастающих в заповеднике.
Фауна заповедника включает 36 видов млекопитающих, 257 видов птиц, 23 вида рыб, 1 вид пресмыкающихся, 4 вида земноводных, 150 видов жесткокрылых, 43 вида чешуекрылых, 100 видов цикадовых.
Из амфибий в заповеднике обитают сибирский углозуб, квакша дальневосточная, остромордая и сибирская лягушки; из пресмыкающихся -ящерица живородящая.
Млекопитающие представлены типичными таежными видами: медведь, росомаха, волк, лиса, американская норка, белка, заяц, соболь, колонок, ласка, северный олень, изюбрь, лось, кабарга. На Кодаре в летний период встречается снежный баран. В высокогорных цирках и карах живет черношапочный сурок. В долине Витима отмечается сибирская косуля.
В Красную книгу России включены: 1 вид рыб (голец арктический), 11 видов птиц (черный аист, малая крачка, малый лебедь, клоктун, сокол-сапсан, кречет, беркут, скопа, орлан-белохвост, красавка, филин), 1 вид млекопитающих (черношапочный сурок). В Красную книгу Иркутской области включено 7 видов рыб (минога дальневосточная ручьевая, сибирский осетр, ленок, таймень, голец арктический, тугун, валек); 3 вида млекопитающих (черношапочный сурок, выдра, снежный баран); 25 видов птиц: большой баклан, серый гусь, гуменник (таежный подвид), лебедь-кликун, огарь, каменушка, восточный болотный лунь, малый перепелятник, орел-карлик, большой подорлик, дербник, серый журавль, длиннопалый песочник, большой кроншнеп, большой веретенник, обыкновенный зимородок, камышовая овсянка (в Красную книгу Иркутской области включены, кроме того, все виды из Красной книги России).
