Заповедник создан в 1982 г. для сохранения эталонного участка горных ландшафтов северного таежного Забайкалья и изучения его природных комплексов. Первый заповедник Иркутской области и зоны, строящейся в то время Байкало-Амурской магистрали. Находится в труднодоступной юго-восточной части Бодайбинского района, на стыке Республики Бурятия, Забайкальского края и Иркутской области.
Основные задачи: охрана природной территории в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии природных комплексов и объектов по программе «Летописи природы», организация научных исследований, мониторинг состояния окружающей среды, экологическое образование и просвещение населения, участие в государственной экологической экспертизе проектов и схем размещения хозяйственных и иных объектов, содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей среды.
Особо охраняемые природные объекты заповедника:
Заповедник представляет собой один компактный участок обшей площадью 585,8 тыс.га. Он расположен на территории двух нагорий: Патомского и Станового. Благодаря резко-континентальному климату, большому перепаду высот и сильной расчлененности горного рельефа возник уникальный по своему биоразнообразию район. Растительность и животный мир подчиняется широтной зональности и вертикальной поясности. Выделяется лесной пояс, подгольцовый (субальпийский), гольцовый (альпийский) и превышающий уровень снеговой линии нивальный пояс. В центральной, наиболее высокой части Кодара, залегают уникальные современные ледники.
Площадь водных объектов заповедника составляет 12,1 тыс. га. На территории заповедника 729 озер, 34 реки, 79 ручьев. Средний показатель густоты речной сети, выраженный через длину рек на 1 кв. км, составляет 0,8-1,0 км, что в 2-2,5 раза больше среднего показателя для Иркутской области. Самой крупной рекой заповедника является Витим, протекающий по западной границе заповедника на протяжении 68 километров. К другим наиболее крупным рекам заповедника относятся Сыгыкта, Амалык и Култушная.
К тектоническим озерам относится самое большое озеро заповедника и северного Забайкалья - Орон. Длина его 24 км, ширина - от 2,5 до 6 км, глубина до 200 м. Озеро возникло в результате тектонических разломов и опускания земной коры; позднее его углубил ледник, опускавшийся в Орон из долин рек Сыгыкты и Култушной.