Относительно небольшая территория заповедника служит своего рода «островком безопасности» для 2256 видов растений и 5110 видов животного мира. Среди них:
Грибы – 847 вида, из них 490 видов – напочвенные шляпочные и 298 видов – дереворазрушающие; Лишайники – 314 видов; Мхи листостебельные – 193 видов; Высшие сосудистые растения – 844 видов, подвидов и межвидовых гибридов; Млекопитающих – 41 видов; Птицы – 222 видов; Пресмыкающиеся – 3 вида; Земноводные – 5 видов; Рыбы – 27 вида; Пауки – 276 видов; Клещи – 218 видов; Насекомые – 4250 видов
Сведения о редких и находящихся под угрозой исчезновения объектах животного и растительного мира, в том числе:
Насекомые – 118 видов; Рыбы – 7 видов; Земноводные – 2 вида; Рептилии – 1 вид; Птицы – 42 вида; Мхи – 13 видов; Грибы – 30 видов; Лишайники – 31 вид; Сосудистые растения – 37; Звери – 11 видов.
Государственный природный заповедник "Кивач" расположен в Кондопожском районе Республики Карелия, занимая лишь около 2 % его территории. Он создан в 1931 году по инициативе карельских ученых. Цели создания заповедника - сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем.
Территория заповедника в прошлом являлась частью казенных лесов, приписанных во времена правления Петра I Александровскому и Кончезерскому литейным заводам. В этих лесах 170-210 лет назад производилась сплошная рубка на древесный уголь, необходимый для нужд заводов. После 1917 года леса нынешней территории заповедника перешли в ведение Кондопожского леспромхоза.
Государственный природный заповедник "Кивач" организован в 1931 г. на основании постановления Совета Народных Комиссаров Карельской АССР. Общая площадь его первоначально составляла всего 2 тыс. га, но постепенно, за счет передачи в состав заповедника прилегающих к его территории лесных кварталов, она увеличилась и охватывает в настоящее время 10930,9 га, или около 110 км2.
До 1939 года заповедник «Кивач» находился в ведении Карельского научно-исследовательского института культуры, в период с 1939 по 1945 гг. - был подчинен НарКомлесу Карельской АССР. В конце 1945 г. постановлением Совета народных комиссаров Карело-Финской ССР заповедник передается в состав сектора леса Карело-Финской базы (а впоследствии филиала) Академии Наук СССР и до 1965 г. не является самостоятельной хозяйственной единицей.
Территория заповедника была определена заповедным участком, призванным охранять естественные богатства природы, и лабораторией стационарных работ Карело-Финской базы Академии Наук СССР. Руководство Карело-Финской базы Академии Наук СССР в соответствии с этим постановлением обязано было развернуть комплексное изучение естественных богатств в природных условиях заповедника.
Положение о заповеднике "Кивач" впервые было разработано и утверждено постановлением Совета Министров КФССР в 1952 г.
В 1965 году на основании приказа Госкомитета по лесной, целлюлозно-бумажной, деревообрабатывающей промышленности и лесному хозяйству при Госплане СССР заповедник был передан в состав Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР на правах самостоятельного научно-исследовательского и природоохранного учреждения.
В рамках выполнения целей и задач, поставленных перед заповедником, в 1960 году здесь был открыт Музей Природы. В 1967 году подготовлена первая книга Летописи природы заповедника «Кивач» за 1966 год. С этого времени каждый год выходит очередной том Летописи.
С 1969 года начали публиковаться Труды заповедника «Кивач» (1969, 1973 гг.).
В конце 1970-х гг. было построено новое здание научной лаборатории, организованы кордоны в окрестных деревнях.
Ныне заповедник «Кивач» является федеральным государственным бюджетным учреждением и с 31.12.2008 г. находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.