В настоящее время на территории заповедника Джергинский описано свыше 1222 вида высших растений. В их числе 612 видов сосудистых растений, 231 вид мхов, 379 видов лишайников. На данный период произрастает 15 видов растений, занесенных в Красную книгу РФ (полушник щетинковидный, мертензия мелькопильчатая, надбородник безлистный, башмачок настоящий, башмачок крупноцветковый, гнездцветка клобучковая, калипсо луковичная, индузиелла тяньшанская, асахинея Шоландера, пиксине соредиозная, Нормандина красивенькая, масонхалея ричардсона, Нефромопсис Лаурера, Лобария легочная. Лептогиум Бурнета), 30 видов, занесенных в Красную книгу РБ (астрагал трехгранноплодный, карагана гривастая, жирянка обыкновенная, родиола розовая, рододендрон Адамса, гастролихнис Попова, гнездовка камчатская, индузиелла тяньшанская, асахинея Шоландера, пиксине соредиозная, сфагнум онгстрема, Дидимодон тупейший, плагиомниум острый, томентипнум серповиднолистный масонхалея Ричардсона, Цетрария Анны, Дентрискокаулон Умгауссена, Лептогиум Гильденбранда, Нормандина красивенькая, Лептогиум Бурнета, Нефромопсис Лаурера, Лобария легочная, Паннария шерстистая)
Видовой состав животного мира насчитывает более 1209 видов. Отряд беспозночные-1003 вида, 146 видов птиц. Из млекопитающих 43 вида. Сосав ихтиофауны насчитывает 9 видов рыб, земноводных- 3, пресмыкающихся – 5 видов. Из всех представителей животного мира Джергинского заповедника: 7 видов занесены в МСОП (черный журавль, могильник и орлан –белохвост, большой подорлик, дрофа, дальневосточный кроншнеп, таймень.); 14 видов редких птиц занесены в Красную книгу РФ.(орлан-белохвост, беркут, молгильник, кречет, сапсан, филин, черный аист, и черный журавль, скопа, большой подорлик, балобан, дрофа, дальневосточный кроншнеп, серый сорокопут); 44 вида являются представителями Красной книги Республики Бурятия (аполлон восточный, махаон сибирский, бражник Татарникова, медведица украинская, медведица альпийская, медведица бурятская, медведица Киндермана, медведица лапладская, сатурния Буадювана, павлиний глаз малый ночной, жужелица изумрудная, таймень, ленок, обыкновенный уж, узорчатый полоз, лебедь-кликун, черная кряква, касатка, каменушка, горбоносый турпан, большой подорлик, могильник, орлан-белохвост, беркут, кречет, сапсан, чеглок, дербник, черный журавль, белая сова, филин, ястребиная сова, длиннохвостая неясыть, седой дятел, крапивник, малая пестрогрудка, желтоголовый корлек, обыкновенный ушан, усатая ночница, выдра, северный олень)