Грибы – инвентаризация не проводилась, 1 вид, включён в Красную книгу Российской Федерации
Водоросли – инвентаризация не проводилась,
Мхи – 127 выявленных видов
Лишайники – инвентаризация не проводилась,
Сосудистые растения – выявлено 628 видов, из них 157 видов, включённых в Красный список МСОП, 5 видов, включённых в Красную книгу Российской Федерации, 38 видов, включённых в Красную книгу Свердловской области
Брюхоногие моллюски – выявлено 8 видов
Малощетинковые черви – выявлено 5 видов
Паукообразные – выявлено 217 видов
Клещи – выявлено 7 видов
Многоножки – выявлено 3 вида
Скрыточелюстные – выявлено 17 видов
Насекомые – выявлено 1132 вида, в том числе 1 вид, включённый в Красную книгу Российской Федерации, 4 вида включённых в Красную книгу Свердловской области
Рыбы и круглоротые – выявлено 5 видов, в том числе 3 вида, включённых в Красный список МСОП, 1 вид, включённый в Красную книгу Российской Федерации, 1 вид, включённый в Красную книгу Свердловской области
Амфибии – выявлено 4 вида, в том числе 4 вида, включённых в Красный список МСОП и 1 вид, включённый в Красную книгу Свердловской области
Рептилии – выявлен 1 вид, включён в Красный список МСОП
Птицы – выявлено 160 видов, в том числе 156 видов, включённых в Красный список МСОП, 7 видов, включённых в Красную книгу Российской Федерации, 11 видов, включённых в Красную книгу Свердловской области
Млекопитающие – выявлен 41вид, 40 из которых включёны в Красный список МСОП, 3 вида - в Красную книгу Свердловской области
Репрезентативность флоры заповедника по отношению к флоре Конжаковского высокогорного ботанико-географического округа, в центральной части которого он расположен, достаточно высокая - 68 %. При этом заповедник занимает около 4% его площади. На территории Заповедника «Денежкин Камень» сохранился последний на восточном склоне хребта в данном регионе крупный массив первобытной темнохвойной тайги.
Вопрос об организации заповедника был поставлен научной общественностью Урала сразу же после окончания второй мировой войны, в 1945 г. Для проектирования заповедников "Денежкин Камень" и "Висим" из Москвы выехали директор Зоомузея МГУ, профессор С.С. Туров и энтузиаст заповедного дела А.П. Протопопов. При обследовании района горы Денежкин Камень едва ли не впервые в практике проектирования заповедников была использована авиация. Есть дневниковые записи С.С. Турова о поездке на Урал и обследовании им территории будущего заповедника. Предлагались разные варианты территории. Были предложения включить в состав заповедника всю территорию вдоль Главного Уральского Хребта, включая верховья р. Вагран на юге и верховья р. Ивдель на севере. Территория вокруг самого Денежкина Камня, по оценке Турова, представляла собой обширные гари, - результат крупного пожара 1938 года. Профессор выражал сомнения в целесообразности заповедания этих гарей, но, всё-таки, надеялся, что удастся заповедать хотя бы их. В принципе, большая часть территории, за исключением россыпных запасов драгоценных металлов по рекам, не представляла большого интереса для промышленности, в отличие от Висимского заповедника, где планировалось строительство гидросооружений.
Так или иначе, но Постановлением Совета Министров РСФСР оба заповедника - "Денежкин Камень" и "Висим" были организованы в 1946 г. Площадь первого из них составляла тогда 135 тыс., га., включая территорию не только Свердловской, но и участок нынешней Пермской (в то время Молотовской) области.
Место расположения заповедника «Денежкин Камень» было выбрано в целом удачно. Его территория располагалась на водораздельных хребтах и включала значительные площади северной тайги. Она представляла большой интерес в биологическом, экологическом и ландшафтном отношении. На сравнительно небольшой площади были представлены основные ландшафты северного Урала: высокопродуктивные сосновые леса долин и предгорий, темнохвойные горно-таежные леса, криволесье, субальпийские луга, горные тундры, гольцы и болота. Природные ресурсы этого края до учреждения заповедника почти не использовались, в прошлом здесь существовал экстенсивный охотничий промысел. Это был единственный в СССР заповедник, находящийся в пределах двух частей света.
Коллективом заповедника была развернута активная научно-исследовательская работа, получившая высокую оценку специалистов. Велась Летопись природы, был издан сборник научных трудов, на материалах, собранных здесь, изданы монографии и отдельные крупные статьи уральских ученых.
При «реорганизации» заповедников в 1951 г., территория заповедника "Денежкин Камень" была сокращена до 36,1 тыс. га, что вызвало резкие возражения научной общественности. Когда же в конце 1950-х гг. началось восстановление заповедной системы, территория заповедника в 1959 г. была даже увеличена до 146,7 тыс. га.
Увы, вскоре последовала новая "перестройка" сети заповедников в соответствии с волевыми распоряжениями Н.С. Хрущёва. На территории "Денежкина Камня" вместо заповедника был организован одноименный госпромхоз (Государственное промысловое хозяйство) того же ведомства (Главохоты РСФСР). И, хотя леса здесь сохранили защитный режим (1-я группа), началась умеренная лесоэксплуатация и добыча охотничье-промысловых ресурсов.
Через некоторое время госпромхоз начал вести на территории бывшего заповедника заготовки леса, объем которых, начиная с 1969 года, с каждым годом возрастал. В 1977 году протоколом Гослесхоза СССР была утверждена расчетная лесосека «Денежкина Камня» в объеме 39 800 Поскольку общественность Урала считала решение о ликвидации заповедника непродуманным, то в 1974 году был поставлен вопрос об его восстановлении. Он обсуждался на заседаниях Комиссии по охране природы, Ученого совета Института экологии растений и животных УНЦ АН СССР и на других научных совещаниях. На эту тему устно и в печати выступали многие известные ученые (Б.П. Колесников, А.А. Насимович, Е.Е. Сыроечковский, С.С. Шварц, Ф.Р. Штильмарк и др.).
Большую активность в деле восстановления заповедника развил его прежний директор Н.С. Гашев. Научными учреждениями Урала было подготовлено несколько проектных вариантов, которые, как правило, встречали серьезные возражения со стороны различных природопользователей.
Свердловский облисполком своим постановлением от 22.09.81 г. № 409 и Пермский облисполком своим постановлением от 27.10.81 г. № 696 определили целесообразность организации заповедника “Денежкин Камень” и подготовили соответствующие документы для вхождения в Совет Министров РСФСР с ходатайством о восстановлении этого государственного заповедника.
Однако, не подкрепленные конкретными мерами, эти решения оставались лишь на бумаге. Несколько лет длились мероприятия по согласованию границ восстанавливаемого заповедника. Главным препятствием выступало Уральское территориальное геологическое управление, рекомендовавшее исключить из заповедной зоны то одну, то другую территорию.
Наконец, 29.12.89 г. Свердловский облсовет Народных депутатов принял решение № 456 об организации заповедника.
Приказ Министерства Экологии РСФСР № 5 вышел 03.10.91 г., а Постановление Совета Министров РСФСР № 431 – 16 августа 1991 года.
Эта дата, 16 августа 1991 года, считается «Днём рождения» вновь открытого заповедника «Денежкин Камень».
Новый заповедник, значительно уступает прежнему по своим размерам (почти вдвое). При этом участки Пермской области в заповедник не включены, он лишился былой региональной целостности, в него не вошли западные склоны среднего Урала, хребет Шемур, а также ценное для копытных Кутимское болото.