Проблема охраны сохранившихся степных участков не решается только вопросами их заповедания. Ведь свои основные качества луговые степи сохраняют лишь при отчуждении надземной фитомассы. Один из ключевых факторов, влияющих на степные экосистемы – выпас копытных животных. До начала сельскохозяйственного освоения земли человеком в степях встречались большие стада тарпанов, сайгаков, туров. В изобилии водились суслики и сурки, некоторые растительноядные птицы: дрофы, стрепеты и др. Возможно, большую роль играли степные пожары, уничтожавшие ветошь. Но все это осталось в далеком прошлом.
В условиях заповедника, т.е. при отсутствии крупных травоядных животных и вмешательства человека, степная растительность постепенно уступает место луговой, наблюдается внедрение древесно-кустарниковых видов. Причина - накопление ветоши и многолетней неразлагающейся подстилки, так называемого «степного войлока». Без животных-фитофагов зеленая масса растений, ежегодно отмирая, ложится на поверхность почвы и накапливается.
А это влечет за собой целую цепочку экологических процессов. Изменяется температурный, водный и световой режим верхних горизонтов почвы. В этих условиях конкуренцию выдерживают длиннокорневищные луговые виды. А вот разнотравье постепенно выпадает из травостоя. Изменяется структура растительного покрова, снижается видовая насыщенность. И задача человека – имитировать деятельность стадных копытных. Такой заменой может быть сенокошение, выпас домашних животных или сочетание того и другого: покос, а затем выпас по отаве.
Ямская степь представляет собой южный вариант целинной ковыльно-разнотравно-луговой степи. Распашки эта территория избежала благодаря тому, что с XVII века находилась в общинном пользовании и предназначалась только под сенокошение и, отчасти, выпас. Для этого вида степей характерны необыкновенная красочность и многократная смена сезонных аспектов, богатая насыщенность, как видовая (более 60 видов на 1 кв.м.), так и численная (до 1000 экземпляров на 1 кв.м.).
И чтобы не утратить такое богатство и красоту, в заповеднике ежегодно проводится сенокошение. Сенокосный режим имеет несколько вариантов: ежегодное сенокошение и сенокосооборот с пятилетним циклом. Под ежегодное кошение попадает небольшая территория в 4 квартале. На остальной площади применяют сенокосооборот: участок выкашивается четыре года подряд, а на пятый год «отдыхает» для пополнения банка семян в почве. Кроме того, кошение ослабляет конкурентную мощность доминирующих видов. После покоса образуются новые экологические ниши, в результате чего на небольшой площади может произрастать совместно большое число видов сосудистых растений.
Выделены и специальные экспериментальные площади – абсолютно заповедные участки, где сенокошение не проводится. Здесь развитие растений весной заметно запаздывает из-за большого количества мертвых растительных остатков. Растительность существенно уступает по разнообразию цветов и насыщенности красками косимым участкам степи.